为了保存实力，以求再战，驻守旅顺的清军最高指挥官徐邦道、姜桂题等在请示李鸿章之后，命令清军放弃现有阵地，向旅顺城撤退，想依靠那里坚固的城墙和先进的德制火炮挡住日军的进攻。
同样在十一月二十五日，清政府给穿越军发来电报，承认他们是大清帝国的合法武装力量，加封唐峰为都统（相当于师长），韩玉军、张超洋为副都统（相当于副师长），刘伟晨为参赞军机（相当于参谋长），其余的穿越军军官也得到了相应官职。
在电报的末尾清政府命令穿越军和徐邦道等率领的清军一起坚守旅顺，战争结束后定有重赏。
十一月二十六日，清军和穿越军分别撤退到了旅顺城外驻扎下来。双方军官在城内召开了联合军事会议，会议决定：在城外挖两道战壕，并在战壕前埋设地雷，以阻挡日军的进攻。
在城墙上也要多架设大炮和机关枪，以便用强大的火力压制攻城的日军。
会后，唐峰给韩玉军发去电报，命令他率领穿越军剩余部队前来汇合。
至此，驻守旅顺的中国军队已经做好准备，要在旅顺和日军决一死战！